O tratamento no AMBULIM é realizado com o apoio de equipe multidisciplinar, formada por médicos psiquiatras, nutricionistas, psicólogos, terapeutas familiares e educadores físicos. Ele acontece de forma ambulatorial, e em casos mais graves a internação pode ser recomendada.
 
   Para o cumprimento de sua missão o AMBULIM está estruturado em unidades especializadas de atendimento, atuando de forma integrada, como segue:

• Ambulatório de Anorexia Nervosa;
• Ambulatório de Bulimia Nervosa;
• Grupo de Estudos em Comer Compulsivo e Obesidade (GRECCO);
• Ambulatório de Transtornos Alimentares da Infância e Adolescência (PROTAD) Saiba mais;
• Ambulatório de Atendimento para Homens com Transtornos Alimentares;
• Programa de Atendimento Intensivo dos Distúrbios Alimentares (PRADA);
• Enfermaria de Transtornos Alimentares: trata-se da única enfermaria pública com atendimento especializado do país;
• Hospital-Dia: inaugurado em 2000, trata-se do primeiro Hospital-Dia dedicado ao suporte de pacientes com transtornos alimentares do país, evitando a internação e o conseqüente afastamento da família.